Errichtet wurde der Bahnhof unter der Leitung von Alois von Negrelli gemeinsam mit Moritz Löhr und Ernst Hranatsch für die k.k. privilegierte Südliche Staats-Lombardisch-Venetianische und Centralitalienische Eisenbahngesellschaft, die ab 1862 als k.k. privilegierte Südbahngesellschaft firmierte. Nördlich des Hauptgebäudes entstand ein Magazin mit Holzgiebeln.
Das Aufnahmsgebäude wurde in der architektonischen und funktionalen Systematik der österreichischen Bahnhofsarchitektur jener Jahre errichtet: klare Funktionstrennung von Passagieren, Fracht und Betrieb, bauliche Symmetrie durch einen gebäudemittigen Eingang über ein „Vestibule“, in dem Fahrkartenverkauf, Gepäckaufgabe und Zugang zu den nach Klassen unterschiedenen Warteräumen organisiert war. Die Symmetrie drückte sich im klassizistischen Gebäudeaufbau aus. Wieder wurde in der siebenachsigen Fassade das Eingangsatrium durch drei enger zusammenstehende Achsen – leicht zurückversetzt – charakterisiert. Gleisseitig wurde ein weit vorstehendes Mittelrisalit zwischen den beiden einachsigen Seitenflügeln ausgebildet. Nördlich des Aufnahmsgebäudes wurde ein Magazin mit den schönen Holzgiebeln errichtet.
Als die Eisenbahnlinie Verona–Bozen im Jahr 1859 in Betrieb ging, bedeutete dies zunächst den Ruin für den Ort Branzoll, der als Hafen von Bozen den Zoll auf die eingeführten Waren erhoben hatte. Der Ort verarmte, viele Einwohner wanderten aus. Erst mit der Umstellung auf Obst- und Weinbau begann ein wirtschaftlicher Umschwung. Der Bahnanschluss ermöglichte den effizienten Transport landwirtschaftlicher Produkte ebenso wie den Export des zwischen Leifers, Branzoll und Auer abgebauten Porphyrs, der als Pflastermaterial in der gesamten k.k. Monarchie geschätzt war.
Nach dem Ersten Weltkrieg wurde zur Lagerung von Militärmaterial ein dreigeschossiges gemauertes Frachtmagazin mit einer westseitig durchgehenden Holzveranda errichtet – das bis heute voluminöseste Frachtgebäude entlang der Bahnstrecke vor Bozen. In der Zwischenkriegszeit wurden die Gleisanlagen für militärische und logistische Zwecke ausgebaut, in den 1950er-Jahren kam eine Panzerladerampe hinzu